他上疏批评外戚郑氏，后转任太常寺少卿，又转任太仆寺卿。
当时方从哲、郑养性的党羽对东林党既愤怒又恐惧，京城私下谈论，企图对他们施加毒手。
京师建立的善书院，是邹南皋、冯少墟两位中丞带领志同道合的同志一起开辟建造，叶向高（福清县人，内阁辅）还为之写了一篇文章，称这是一时之盛事。
给事中朱童蒙便上疏诋毁善书院，主要针对东林党，随后因此辞职归乡的人很多，两位中丞也辞去职务。
高攀龙也上疏辞职，但叶向高挽留了他。
次年，高攀龙返回东林书院继续以前的生活，每日官场生活如同秋露般短暂，而学问境界却如同春风温暖恒常，这样的对比让他做出了明确的选择。
不久高攀龙升任刑部侍郎，回朝任职。
他进入都察院后，先弹劾贪污的御史崔呈秀，将其革职并追查赃款。
崔呈秀便投靠了魏忠贤，声称自己曾弹劾陶朗先，高攀龙是在包庇陶朗先并借此报复，于是陶朗先被追缴赃款四十八万两，而高攀龙等人全部被赶出朝廷，崔呈秀则重新得到重用。
次年乙丑（公元年），阉党又毁坏书院，杀害杨涟等十余人。
至天启丙寅年（公元年）三月十六日，朝廷逮捕高攀龙。
锦衣卫计划在十八日宣读逮捕令。
高攀龙便于十七日拜谒了道南祠，留下一篇告别圣贤的文章，回家后在花园赏花，并召集几个儿子向他们出示了“原无生死”
这四个字，告诫他们说：“赶紧准备出行，我要独自去面对这件事，这样可以避免连累你们。”
他写了两页字，留给两个孙子，让他们不要拆开看，明天将这些交给锦衣卫。
当时已是三更时分，他让妻子和孩子暂时离开，过了一会儿，几个孙子推门进来，没有找到他，他所写的是遗书。
几个儿子连忙寻找，现他投水自尽了。
思宗皇帝（崇祯）即位后，追赠高攀龙为兵部尚书，谥号“忠宪”
。
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光禄寺少卿高攀龙上疏指出：“”
外戚郑氏及其昔日的亲信都是敌国奸细，最近甚至有谣言传入皇宫。
过去张差谋逆，实际上是郑国泰主谋；刘保谋逆，实际上是卢受通谋；卢受也是郑氏的亲信。
自张差、刘保先后伏法，每次谋逆必败，败必死，但人心仍有疑惑不解，应该命令郑义回湖广原籍。
至于李如桢一家与郑氏勾结，陷害名将，杀害百万军民，丧失千里土地，祸害延续至今，而且还与李永芳约定做内应，应当尽快依法严惩。
崔文升在先帝哀痛劳瘁之时，故意使用泻药，显然是用药谋杀，皇帝没有诛杀他，仅将他贬逐，但现在他又潜伏在京师，意欲何为？也应当尽快将他依法严惩。
请求皇帝早日惩治这些叛逆者的罪行。”
都御史高攀龙弹劾贪污的御史崔呈秀，部议决定将崔呈秀革职回籍，并将他贪污的银两数目交由抚按官员调查。
崔呈秀曾奉命巡视淮扬地区，贪污行为令人不齿。
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