丹尼尔·奥格登（danie1ogden）认为，这次婚姻可能并非一开始就策划的，而是为了防止她嫁给其他可能以此觊觎王位的人。
然而，这一新安排导致了与克利奥帕特拉二世的冲突。
似乎是为了回应这场新婚姻，并在克利奥帕特拉二世的支持下，一位前托勒密王朝雇佣军队长、来自阿塔玛尼亚（athaania）的加拉埃斯特斯（ga1aestes）起了叛乱。
加拉埃斯特斯原是托勒密六世的亲信官员，但在公元前145年被迫流亡。
他在希腊（greece）聚集了一支由托勒密王朝流亡者组成的军队，并宣布手中拥有托勒密六世之幼子的监护权，封此男孩为王。
加拉埃斯特斯攻击托勒密八世，企图让这孩子登上王位。
托勒密八世的雇佣军因欠薪差点倒戈支持挑战者，但指挥官希拉克斯（hierax）用自己钱财支付了他们的薪酬，才使得叛乱未成。
至公元前139年2月，加拉埃斯特斯被击败，托勒密八世布了一项法令，确认埃及祭司的权利与特权，并宣称自己与克利奥帕特拉二世、克利奥帕特拉三世和谐共治。
同年，托勒密八世接待了一支由小西庇阿（s）率领的罗马使团，此行的目的是和平解决东地中海（easternditerranean）的事务。
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古代文献特别提到罗马使团受到了极尽奢华的款待，以此衬托罗马人的简朴作风。
此时托勒密八世显然极为肥胖，已需要被抬着出行。
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公元前132年末，王室兄妹之间的冲突最终爆为公开的战争，托勒密八世·菲斯康（pto1eyviiiphys）和克利奥帕特拉三世（c1eopatraiii）站在一方，而克利奥帕特拉二世（c1eopatraii）则在另一方。
起初，托勒密八世仍控制着亚历山大城，但在公元前131年末，亚历山大城的人民爆暴乱，支持克利奥帕特拉二世并放火焚烧了皇家宫殿。
托勒密八世、克利奥帕特拉三世及其子女逃往塞浦路斯。
与此同时，克利奥帕特拉二世自封为唯一的女王——这是托勒密王朝女性次如此行事——并以“母爱、救世女神”
（theaphi1oētorteira）为称号，这一称号将她与已故丈夫托勒密六世（pto1eyviphi1otor）以及王朝创始人托勒密一世（pto1eyi）联系在一起。
尽管亚历山大城站在克利奥帕特拉二世一方，并且她通常得到全国希腊人和犹太人的支持，但托勒密八世和克利奥帕特拉三世更受埃及本土民众的欢迎。
埃及的大部分地区仍然承认托勒密八世为国王。
然而，在埃及南部，一位名为哈尔西西（harsiesi）的人趁乱起义——他效仿了公元前2o6-185年间胡格诺弗（hugronaphor）和安赫马基斯（ankakis）的叛乱。
哈尔西西可能自封为法老，并成功占领了底比斯，在公元前131年8月或9月控制了该地。
他于11月被驱逐，并被底比斯总督保斯（paos）追击，保斯是埃及人。
托勒密八世和克利奥帕特拉三世在公元前13o年初已从塞浦路斯返回埃及。
到春季，他们已掌握孟菲斯。
托勒密八世对保斯在对抗哈尔西西时的成功印象深刻，于是提拔他为上埃及总指挥，并将整个军事体制交由他管理——这是埃及本土人次担任如此重要的职位。
哈尔西西最终于公元前13o年9月被捕并处决。
亚历山大城被围困，但托勒密八世和克利奥帕特拉三世未能攻占该城。
克利奥帕特拉二世在全国范围内仍维持了多个据点——如哈尔蒙提斯（haronthis）在公元前13o年1o月仍在她手中。
作为克利奥帕特拉二世和托勒密八世之间争斗的一部分，后者杀害了他两个年长的儿子：
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